ساعت چهار صبح روز 12 محرم 83 قمرى (15 خرداد 1342)، نیروهاى امنیتى و انتظامى، پساز محاصره منزل امام در قم و ورود به منزل از طریق دیوار، ایشان را در حالى که براى نماز صبح آمادهمى‌شدند. دستگیر و به تهران منتقل کردند و در یکى از بازداشتگاهها نگه داشتند و پس از مدتى (در 4 تیر1342) از آنجا به پادگان عشرت آباد بردند.
پس از انتشار خبر دستگیرى امام خمینى (ره) در قم، بسیارى از مردم عصبانى و ناراحت به منزلایشان رفته و به اتفاق فرزند ارشدشان حاج آقا مصطفى، حدود ساعت 6 صبح به سمت حرم مطهر حضرتمعصومه (س) حرکت کردند. پس از مدتى، صحن مطهر و خیابانهاى اطراف مملو از جمعیتى شده بود کهشعار «یا مرگ یا خمینى» را با هیجان و التهاب شدید تکرار مى‌کردند. در همین حال علما و مراجع، طىاعلامیه‌اى که از بلندگوى صحن مطهر خوانده شد، ضمن محکوم کردن این اقدام، خواستار آزادى فورىامام (ره) شدند.
حدود ساعت 10 صبح، تعدادى نیروى مسلح براى تقویت نفرات شهربانى قم وارد این شهر شدند. قبلاز ورود آنها، درگیرى‌ها بیشتر با باتوم و گاز اشک آور بود اما با ورود نیروهاى تازه، تیر اندازى و رگبارمسلسلها آغاز و تعدادى از مردم زخمى و در بعضى از خیابانها شهید شدند. کشتار در خیابانهاى اطرافحرم تا ساعت 5 بعد از ظهر ادامه داشت. اما پس از سخنرانى حاج آقا مصطفى در صحن مطهر و دعوتمردم به آرامش، جمعیت به تدریج متفرق شدند.
در تهران نیز همزمان با انتشار خبر دستگیرى امام چند حرکت خود جوش در نقاط مختلف شهر آغازشد که تا ظهر با پیوستن آنها به یکدیگر جریان نیرومندى را در مقابله با عوامل سرکوب رژیم به وجودآورد.
بازاریان در خیابانهاى اطراف بازار به راهپیمایى و شعاردادن بر ضد رژیم و دفاع از امام دست زدند. به 03 / 19طورى که ساعت 11 صبح پانزده خرداد، در این منطقه درگیرى و تیراندازى به سوى مردم شروعشد و تا ساعت 5 بعد از ظهر ادامه یافت. میدان سبزى و بارفروش‌ها نیز تعطیل کردند و به همراه مردم بهخیابانها آمدند. همچنین گروهى از مردم جنوب شهر از میدان شوش حرکت کرده و در خیابان 17 شهریور(شهباز سابق) بى‌سابقه ادامه یافت.
در این میان، تا ظهر 15 خرداد، هم شاه و هم امریکایى‌ها و انگلیسى‌ها، تظاهرات را در یک طرحبراندازى وسیع و سازمان یافته مى‌دانستند و به شدت دستپاچه و نگران شده بودند. اما بعد از ظهر پس ازسرکوب که با هدایت تیمسار غلامعلى اویسى صورت گرفت. شاه با ابراز رضایت از اقدامات انجام شده بافردوست و اویسى دیدار کرد. فردوست درباره این دیدار مى‌نویسد :
از ساواک به شدت ناراضى بود و تصور مى‌کرد که عدم اطلاع ساواک با توطئه هواداران سپهبد تیموربختیار در این سازمان است. از من پرسید : «مسؤول بى‌اطلاع ماندن ساواک از این جریان کیست؟» پاسخدادم : «همیشه رییس (پاکروان) مسؤول است». گفت: «از او انتظارى نیست، بعد از او چه کسى مسؤولاست؟» گفتم: «مدیر کل اداره سوم، سرتیپ مصطفى امجدى» گفت : «او را عوض کنید» [.... ]فرداى، آنروز [...] ناصر مقدم را به جاى او گذاشتم [...]»
فردوست همچنین با اشاره به گزارشى که ساواک از جریان 15 خرداد تهیه کرده است مى‌گوید که مردمبا نیروهاى پلیس و ارتش درگیر شده و قصد تصرف کلانترى میدان خراسان را داشتند که درگیرى شدیدىروى داد و تعداد زیادى از مردم شهید و مجروح شدند.
دانشگاهها نیز پس از انتشار خبر دستگیرى امام تعطیل شد و دانشجویان دانشگاه تهران پس ازاجتماع در محوطه دانشگاه به خیابانها ریخته و بر ضد رژیم شاه و به حمایت از امام شعار دادند. در میدانانقلاب (24 اسفند سابق) مانع ادامه راهپیمایى شد و با تیراندازى دانشجویان را پراکنده کردند.
تظاهرات در حالى صورت گرفت که ساعت پنج صبح، اعلامیه برقرارى حکومت نظامى و منع رفت و آمداز ساعت 8 بعد از ظهر تا 8 صبح از رادیو خوانده شد و سرهنگ نعمت‌اله نصیرى، رییس شهربانى، با توجهبه سوابق و عملکرد و بعد از کودتاى 28 مرداد، فرماندار نظامى شد.
هدف از حکومت نظامى، قلع و قمع بیشتر مردم، دستگیرى افراد مورد نظر جلوگیرى از تجمع و حرکتمردمى و قانونى جلوه دادن حضور ارتش در شهرها، محاکمه خارج از معمول مخالفین رژیم، ایجاد رعبو وحشت در مردم و حمله به اجتماع بیشتر از سه نفر مردم بود. اما علیرغم اعلام حکومت نظامى تظاهراتبه شکلى بود که فردوست مى‌نویسد : «مقدم مامور بود که بى‌اطلاعى اداره سوم را جبران کند و ظرف چندروز علت حادثه را گزارش نماید.[...] عکس پیدا کرد که در بیرون، در ساحل دریا، از تیمور بختیار (رئیسسابق ساواک) گرفته شده بود. عکس از پشت برداشته شده بود. ولى بختیار را مى‌شد تشخیص داد. درکنار بختیار فردى به نام موسوى قرار داشت. مقدم مدعى شد که بختیار توسط فرد فوق 2 میلیون تومان به تهران ارسال داشته و با این پول تظاهرات 15 خرداد سازمان داده شده است. سرهنگ مولوى نیز مدعىشد که حدود 10 هزار چماق یک اندازه و محکم در قم تهیه شده و براى تظاهرات به تهران ارسال گردیدهاست [...] ادعاهایى نیز دال بر ارسال پول توسط جمال عبدالناصر عنوان شد. واضح بود که ادعاهاى مقدمو مولوى فقط براى این است که ضعف خود را بپوشانند و بى‌اطلاعى ساواک را طبق سلیقه محمدرضاجبران کنند. [...] در همین حد براى محمدرضا کفایت مى‌کرد.»[1]
پس از اعلام حکومت نظامى، مطالب فراوانى در رادیو و روزنامه‌ها بر علیه امام، روحانیت و پیروانامام انتشار یافت. با این همه شاه نیز شخصا وارد صحنه شد و ضمن بیان مطالبى، سعى در به اصطلاحافشاى اسرار پشت پرده وقایع 15 خرداد کرد. او روز جمعه در یکى از سخنرانى‌هاى خود با اشاره بهحوادث 15 خرداد گفت :
باید به شما بگویم که متاسفانه کسانى که بساط 15 خرداد را به راه انداختند، کما اینکه در میان کسانىکه زخمى یا دستگیر شده‌اند، خیلى از آنها گفتند که ما چکار کنیم. به ما بیست و پنج ریال پول داده بودند ومى‌گفتند در کوچه‌ها بدوید و بگویید زنده باد فلانى. ما حالا مى‌دانیم این وجوه از کجا رسیده است و بهشما ملت ایران به زودى جزئیات گفته خواهد شد. فقط این اولاً از لحاظ ایرانیت یکى ایرانى، که پولخارجى را بگیرد و بر ضد جامعه خودش اقدام کند، این را چه مى‌شود گفت؟ و دوم، یک نفر شیعه پولبگیرد از یک نفر مسلمان غیر شیعه، این چیست؟ و این خونهایى که در 15 خرداد ریخته شد، به گردنکیست؟ و کى مسوول این خونهاست؟ باید بگویم که کسانى که بساط 15 خرداد را به راه انداختند، و باعثریخته شدن خونها شده‌اند، به زودى به سزاى اعمال خودشان خواهند رسید. [2]
امیر اسداله علم نیز در هفدهم خرداد، در جمع خبرنگاران خارجى مطالبى را عنوان کرد که مایل نبوددر داخل کشور منتشر شود. از جمله روزنامه «نیویورک هرالد تریبون» در شماره نهم ژوئن، تحت عنوان«امکان مجازات اعدام براى 15 نفر از پیشوایان مذهبى در ایران» نوشت :
«نخست وزیر علم گفت که 15 نفر از بزرگترین پیشوایان مذهبى که در آشوب ضد دولتى این هفته درشهرهاى مختلف دست داشته‌اند، تسلیم محکمه نظامى خواهند شد، و محکمه نظامى ممکن است معنىمجازات اعدام را داشته باشد. آقاى اسداله علم گفت که در نتیجه تیراندازى مامورین حدود بیست نفرکشته شده‌اند. نخست وزیر اضافه کرد که بعضى از سران آشوبگران مخفى شده‌اند، ولى ما رؤساى آنها رادستگیر کرده‌ایم.»[3]
اما بر خلاف تصور و تبلیغات دولت که گمان مى‌کردند مبارزه پایان یافته است. بتدریج فعالیتهاى سیاسى به شکل دیگرى شروع شد. اعتصاب سراسرى در روز بیست و یکم خرداد، به نشانه همبستگى باشهدا و همچنین براى آزادى امام دولت را غافلگیر کرد. دولت براى شکستن اعتصاب تلاش زیادى کرد،ولى علیرغم تهدیدات و تطمیع‌هایى که بکار برد، نتیجه‌اى نگرفت. بسیارى از علما و مراجع در داخل وخارج از کشور، اعلامیه‌هایى را در مخالفت با اقدامات رژیم و حمایت از امام و مواضع ایشان صادرکردند. در اعلامیه‌ها از مردم، تداوم حرکت و از دولت دست برداشتن از رویه جارى خواسته شده بود.
علماى شهرها و مراجع به خوبى متوجه ابعاد قضیه بودند، لذا اقدامات رژیم باعث سکوت و تسلیمآنها نشد. بعلاوه، صدور اعلامیه و تلگراف براى مقابله با قضایاى جارى را کافى ندانستند، لذا با تلاشتعدادى از علما، حدود هفتاد تن از علما و مراجع، عازم تهران شدند، و حرکت سیاسى غیر منتظره‌اى را بهوجود آوردند. در این وضعیت رژیم راه حل مناسبى نداشت. حضور این تعداد علما و مراجع در تهران،موجب شکسته شدن جو رعب و وحشت، و همچنین قدرت نهایى در مقابل دولت و ایجاد انگیزه در مردمشد. مردم تهران با استفاده از حضور علما و مراجع در تهران، عملاً حکومت نظامى را شکستند. زیرا بااجتماع در محل اقامت آنان و تبادل نظر و اطلاعات، و همچنین اقامه نماز جماعت ـ که در اکثر مساجدتعطیل شده بود ـ دولت قادر به مقابله و جلوگیرى نبود. در نهایت تجمع علما عامل فشار مؤثر بر دولت شد.
سفر علما به تهران و صدور اعلامیه‌هاى آنان، نه تنها انعکاس وسیع داخلى، بلکه در خارج از کشور نیزانعکاس وسیعى داشت. علما و مراجع عراق نیز اعلامیه‌هایى در جهت تایید و حمایت از علماى تهران وخواسته‌هاى آنان منتشر کردند. [4]
در همین شرایط دولت به مذاکره با علما روى آورد. در این مذاکرات علما در ابتدا خواستار ملاقات باامام و اطلاع از وضعیت ایشان شدند. با پافشارى زیاد قرار شد حاج آقا روح اله کمالوند با شاه ملاقات وموضوع را مطرح کند. ملاقات با شاه انجام شد و او با ملاقات یکى از علما با امام موافقت کرد. پس از چندروز از طرف رژیم با آیت‌اله سید احمد خوانسارى تماس گرفته شد و موافقت با ملاقات ایشان با امام بهاطلاع معظم‌له رسید. ملاقات با حضور مقامات و فقط چند دقیقه انجام گرفت. انعکاس خبر سلامتى امامتوسط آیت‌اله خوانسارى، اعتصاب بازار و اصناف را شکست و باعث شور و هیجان زیادى در مردم شد.
بعد از این دیدار سه تن از مراجع و تعدادى دیگر از علما طى نامه‌اى مرجعیت امام را تایید کردند.معناى اعلام مرجعیت امام این بود که طبق قانون اساسى اولاً دولت حق محاکمه و بازداشت ایشان راندارد، ثانیا علماى دیگر نظرات سیاسى و حکومتى امام را مقدم بر نظرات خود مى‌دانند. [5]
بعد از پایان ماه صفر و اتمام ایام عزادارى، دولت به تصور اینکه با تهدیدات و فشارهاى گذشته، قدرتنمایى کرده و دیگر مخالفتى جدى وجود ندارد، غالب دستگیر شدگان را آزاد کرد. همچنین در یک اقدام ناگهانى و به عنوان عکس‌العمل نسبت به اعلام مرجعیت امام، تمامى علماى شهرها را که به تهران آمده ودر حرم حضرت عبدالعظیم اجتماع کرده بودند، با وسایل نقلیه آماده شده به صورت اجبارى بهشهرهایشان برگرداند و تلویحا به آنها قول داد که به زودى امام را آزاد خواهد کرد.
پس از این به علت فشارهایى که بر دولت وارد مى‌شد، رژیم تصمیم گرفت که ظاهرا حضرت امام راآزاد کند، ولى تا مدتى ایشان را تحت نظر داشته باشد. تصور شاه این بود که با این عمل هم مراجع، علما ومردم راضى خواهند بود و هم امام امکان فعالیت به شکل گذشته را نخواهند داشت. بنابراین در 11 مرداد42، با حضور رییس ساواک و رییس ساواک تهران قرار آزادى امام گذاشته مى‌شود و با انتقال امام اززندان به خانه‌اى متعلق به ساواک، تحولى در وضعیت موجود اتفاق مى‌افتد.
یک روز پس از انتقال امام (12 مرداد) روزنامه‌هاى کشور خبرى را به دستور ساواک منتشر کردند تادر نظر مردم چنین وانمود کنند که انتقال امام از زندان به محل جدید به دلیل تفاهمى بوده که میان ایشان و«مقامات انتظامى» بوجود آمده است. این خبر چنین بود :
«طبق اطلاع رسمى که از سازمان اطلاعات و امنیت کشور واصل گردیده است چون بین مقاماتانتظامى و حضرات آقایان خمینى، قمى و محلاتى تفاهمى حاصل شد که در امور سیاسى مداخله نخواهندکرد و از این تفاهم اطمینان کامل حاصل گردیده است که آقایان برخلاف مصالح و انتظامات کشور عملىانجام نخواهند داد لذا آقایان به منازل خصوصى منتقل شدند».
این توطئه بزودى با انتشار اعلامیه‌هایى توسط مراجع و علما افشا گردید و بطلان آن آشکار شد ولىدر وضعیت امام تغییرى حاصل نگردید. اما مشخص بود که رژیم در حال برنامه ریزى براى عادى نمودناوضاع است.